丰沛的“龙舟水”不仅为每年的龙舟竞渡增添了几分精彩与激烈，还可以满足当地农业生产和人民生活的需求，也大大改善了水位环境，便利了江河运输和水电生产。但俗话说“有一利必有一弊”，端午时节，正值华南地区前汛期，“龙舟水”到来时，如遇天文大潮或台风风暴潮的顶托，会使江河排水速度大大减慢，甚至发生海水倒灌现象，水位迅速上涨，容易造成洪涝灾害，严重威胁当地农作物的生长安全。
以两广地区的早稻为例，要有效防范“龙舟水”对以早稻为代表农作物的不利影响，需要掌握“龙舟水”出现、强度、时长等相关规律，未雨绸缪。如根据“龙舟水”出现规律，合理安排作物的品种和播插，力争开花授粉期避开“龙舟水”；加强前中期露田晒田，保持强壮的有效分蘖，增强根系活力，提高抗灾能力；出现内涝积水时，应尽早使作物叶面露出水面，使之能尽早进行光合作用；如水退后天气立即转晴，应慢慢更换新鲜水源；受灾后的作物要及时清洗污泥、扶正，喷药防病虫害，适时追肥，以促进生机；受淹严重失收的田块要及时改种等。
值得一提的是，在广州，因“龙舟水”多次导致农作物受灾，影响农民收入和市民的菜篮子供应，当地政府特地为此设立了农业保险，以提高农业生产抗风险能力，保障农户的合法权益。该保险对被保险人在种植业、林业、畜牧业和渔业生产中因遭受汛期自然灾害所造成的财产损失，承担保险金赔偿。截至目前供有10个入保品种，包括水稻、玉米、花生、甘蔗、土豆等。
