1998年长江发生了自1954年以来的又一次全流域性大洪水。从6月中旬起，因洞庭湖、鄱阳湖连降暴雨、 人民子弟兵抗洪抢险大暴雨使长江流量迅速增加。受上游来水和潮汛共同影响，江苏省沿江潮位自6月25日起全线超过警戒水位。南京站高潮位7月6日达9.90米。沿江苏南地区自6月24日入梅至7月6日出梅。由于沿江潮位高，内河排水受阻，形成外洪内涝的严峻局面。秦淮河东山站最高水位10.28米，居历史第三位；滁河晓桥站最高水位达11.29米，超出警戒水位1.79米。
7月下旬至9月中旬初，受长江上游干流连续7次洪峰及中游支流汇流叠加影响，大通站流量8月2日最大达82300立方米/秒，仅次于1954年洪峰流量，为历史第二位。南京站7月29日出现最高潮位10.14米，居历史第二位，在10.0米以上持续17天之久。镇江站8月24日出现8.37米的高潮位，仅比1954年低1厘米，居历史第三位。
1998年长江发生了继1954年以来又一次全流域性的大洪水。这场洪水虽已过去，但各种议论纷至沓来，更有甚者将其归于“人祸”。从科学的角度来分析,虽然这场洪水量极大、涉及范围广、持续时间长、洪涝灾害严重，但造成的损失比1931年和1954年要小得多。
经分析，长江发生1998年大洪水主要是气候异常、暴雨过大、河湖调蓄能力下降、削峰作用降低及水位抬高等原因造成的。荆江以下最大洪峰流量和最大60d洪量对比表明，1998年洪水总体上小于1954年，在本世纪已发生的3次全流域性大洪水(1931、1954、1998年)中列第2位。
1998年长江中下游洪水位大大超过了1954年的实测水位,高洪水位形成的主要原因：①1998年分蓄洪量与1954年相比大量减小，1954年长江中下游分洪溃口总量达1023亿立方米,而1998年只有100亿立方米；②湖泊调蓄能力降低,建国以来，长江中下游通江湖泊面积减少约1万平方公里,洞庭湖、鄱阳湖因淤积围垦减少容积180亿立方米以上。在党中央、国务院的正确领导下，经各级政府和广大军民全力抢险，夺取了1998年抗洪斗争的全面胜利。总结经验主要有：汛前准备充分；统一指挥、决策正确;军民联防,全力抢险；水库调度，科学抢险；依法防洪,严格执法。灾后反思，应抓紧做好以下工作：加高加固堤防，消除堤身隐患;加强河道整治，保持行洪畅通；建好分蓄洪区；做好平垸行洪，退田还湖，移民建镇；抓紧建设防洪水库；加强长江上中游的水土保持；提高防洪现代化技术。
