滁州市气象局全市气象部门的领导机构，机构规格为正处级，市局由局机关和直属事业单位构成，其中局机关内设3个管理科室：办公室（计划财务科）、业务科技科(政策法规科）、人事教育科（监察审计室）；直属事业单位5个：市气象台(人工影响天气办公室)、市农村综合经济信息中心（市影视中心）、市气象科技服务中心(市防雷中心)、市国家气象观测站(一级站)、滁州市气象局财务核算中心。
1997年，成立滁州市防雷减灾局与滁州市气象局一个机构，两块牌子，在安徽省气象局和滁州市政府的双重领导下开展工作。1999年，经滁州市编制委员会批准，设置滁州市农村综合经济信息中心。
